Tomsko miestas prasidėjo dar 1604 m. pastačius tvirtovę prie Tomo upės. Pats Borisas Godunovas palaimino naujojo miesto statybą ir to garbei atsiuntė Šventosios Trejybės atvaizdą. Būsimo Tomsko miesto centre pradėta statyti nauja bažnyčia. Ir nuo to momento miestiečių ortodoksinis gyvenimas pradeda augti ir vystytis. Tomske statoma daugybė šventyklų, koplyčių ir bažnyčių.
Šventosios Trejybės bažnyčia
Daugiau nei 150 metų ant Voskresenskajos kalno stovi pašventintas Trejybės bažnyčios pastatas. Jis buvo pastatytas ir apšviestas 1844 m.
Sunkiame praėjusio amžiaus ketvirtajame dešimtmetyje galinės bažnyčios buvo perduodamos iš rankų į rankas. Iš pradžių 1939 metais čia buvo įrengtas garažas, o kiek vėliau – vietinės kepyklos kepykla. Pasibaigus karui, 1945 m., šventykla grąžinta tikintiesiems, o 1946 m. vasarį bažnyčia vėl pašventinta. Tomsko Trejybės bažnyčios restauravimo darbai buvo atlikti parapijiečių lėšomis. Bažnyčia veikia iki šiol, veikiaSekmadieninė mokykla ir biblioteka.
Prisikėlimo bažnyčia
Tarp Tomsko bažnyčių tai viena seniausių. Tai praktiškai tokio pat amžiaus kaip miestas. Iš pradžių vienuolyno teritorijoje buvo pastatyta medinė bažnyčia, 1644 m. 1789 m. buvo padėti naujos dviaukštės bažnyčios pamatai. Pabaigus naujo pastato statybas, pagal stačiatikių papročius senoji medinė bažnyčia buvo sudeginta ir išblaškyta vėjui. Kaip ir daugelis Tomsko bažnyčių, praėjusio amžiaus 30-ųjų antroje pusėje šventykla buvo uždaryta ir tik 1995 m. ji buvo vėl pašventinta ir stačiatikiai vėl galėjo dalyvauti pamaldose.
Znamenskaya bažnyčia
Bažnyčia pavadinta Dievo Motinos ikonos „Ženklas“vardu. Iš pradžių tai buvo paprasta medinė šventykla, pastatyta XVII a. Mūrinė šventykla buvo pradėta statyti 1784 m., už lėšas didikų kachalovų, Ivano Kachalovo palikuonių, kurie laikomi bažnyčios fundatoriumi, lėšomis. 1935 m. bažnyčia buvo sugriauta ir atstatyta tik 1992 m. parapijiečių lėšomis.
Petro ir Povilo bažnyčia
Ant vienos iš kalvų, besileidžiančių į Ušaikos upės potvynį, vietiniams žinomą kaip Mukhin Hillock, anksčiau buvo kryžius ir koplyčia. Vėliau šioje vietoje buvo pastatyta Petro ir Povilo katedra. Bažnyčia pašventinta 1911 m. 1938 m. pamaldos buvo nutrauktos, bažnyčios teritorijoje įsikūrė spirito varyklos sandėlis. Tačiau jau 1945 metais bažnyčia grįžo į įprastą rutiną. Petro ir Povilo bažnyčia yra viena iš nedaugelio bažnyčių Tomske, kuri ir toliau priimdavo parapijiečius 50–90 m. XX amžiaus metai.
Namų bažnyčia Šv. Mikalojaus Stebukladario vardu
Dešimtojo dešimtmečio pradžioje psichiatrinės ligoninės pagrindu buvo pastatyta ir apšviesta viena iš Tomsko miesto bažnyčių, pavadinta Šv. Mikalojaus Stebukladario vardu. Iš pradžių jis buvo pastatytas pagal tam tikrą koncepciją, ty Viešpaties dvasinių jėgų ir gydomųjų medicinos priemonių sąveiką padedant psichikos ligoniams. Tačiau ideologinė pusė buvo prarasta 1920 m., kai bažnyčia buvo uždaryta. Dešimtojo dešimtmečio pabaigoje vėl kilo mintis atidaryti bažnyčią ligoninėje. Nuo 2003 metų čia pradėti restauravimo darbai. Šiuo metu tikintieji iš sergančiųjų ir medicinos personalo į pamaldas ateina su malonumu.
Šv. Sergejaus Radonežo bažnyčia
Tai jauniausia iš Tomsko bažnyčių. Bažnyčios fundatorius – pabėgių impregnavimo gamyklos direktorius G. I. Trigorlovas. Pamatęs vieną iš Jaroslavlio koplyčių, jis taip apsidžiaugė jos spalva, kad ėmėsi statyti tokią pat bažnyčią savo gimtajame mieste. Pagal asmeninį G. I. Trigorlovo projektą, šventykla buvo pastatyta ir pašventinta 1997 m.
Epifanijos katedra
Iš pradžių, 1630 m., tai buvo nedidelė Epifanijos bažnyčia. Katedros statusą ji gavo daug vėliau. Medinė bažnyčia dažnai nukentėjo nuo gaisrų, tačiau kaskart buvo restauruojama. 1777 m. seno medinio pastato vietoje buvo nuspręsta pastatyti modernų mūrinį pastatą. Dešimtajame dešimtmetyje šventykla buvo uždaryta, o jos sienose įsikūrė batų gamykla. Pastatas buvo atgautas 1997 m. Rusijos ortodoksų bažnyčia ir pradėjo jos atkūrimo darbus.
